Στη Β' Μαιευτική - Γυναικολογική Κλινική εφαρμόζεται ένα σύγχρονο Πρόγραμμα Εκπαίδευσης, με θεωρητικές (μαθήματα) και κλινικές εφαρμογές. Το Πρόγραμμα Σπουδών είναι προσαρμοσμένο στο ευρύτερο Πρόγραμμα Εκπαίδευσης των 6ετων φοιτητών της ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών.
Το ακαδημαϊκό έτος ξεκινά την τελευταία εβδομάδα του Αυγούστου. Η κάθε ομάδα φοιτητών, ασκείται στην κλινική για 6-8 εβδομάδες . Το ημερήσιο πρόγραμμα ξεκινά στις 7.30 πμ. και ολοκληρώνεται στις 2.30 μμ. Περιλαμβάνει θεωρητικά μαθήματα αλλά και άσκηση στα διάφορα τμήματα της Κλινικής (Τμήμα Κυήσεων Υψηλού Κινδύνου- Μαιευτικό, Γυναικολογικό Τμήμα-Θάλαμος Ελένης, Τμήμα Γυναικολογικών Ενδοσκοπήσεων, Τμήμα Λεχωϊδων, Εξωτερικά Γυναικολογικά Ιατρεία, Παραλαβή Επιτόκων, Εξωτερικά Ογκολογικά Ιατρεία κ.α.).
Κυρίαρχο ρόλο στην εκπαίδευση των φοιτητών παρουσιάζει η Επίσκεψη που γίνεται από τον Καθηγητή σε όλα τα τμήματα της Κλινικής και η οποία ακολουθεί την Ενημέρωση που γίνεται με όλα τα μέλη της Κλινικής παρόντα, στο Αμφιθέατρο του Νοσοκομείου κάθε Δευτέρα, Τετάρτη και Παρασκευή. Τα θεωρητικά μαθήματα καλύπτουν όλο το φάσμα της Μαιευτικής και Γυναικολογίας, και παραδλιδονται από όλα τα μέλη ΔΕΠ της Κλινικής,αλλά και άλλων Κλινικών και Εργαστηρίων του Αρεταίειου Νοσοκομείου.
Οι φοιτητές παρακολουθούν επίσης τα Μετεκπαιδευτικά μαθήματα που γίνονται κάθε Τρίτη απόγευμα από το Νοέμβριο έως και τον Μάιο, στο πλαίσιο της Συνεχιζόμενης Ιατρικής Εκπαίδευσης, από διακεκριμένους επιστήμονες όλων των ειδικοτήτων. Επίσης παρακολουθούν κάθε Παρασκευή την Βιβλιογραφική Ενημέρωση, που γίνεται παρουσίαση ενδιαφερόντων σύγχρονων περιστατικών της διεθνούς βιβλιογραφίας.
Παράλληλα, οι φοιτητές προτρέπονται να παρακολουθούν και να συμμετέχουν ενεργά στις διάφορες επιστημονικές εκδηλώσεις του Πανεπιστημίου Αθηνών. Ιδιαίτερη σημασία παρουσιάζει η εργασία που αναλαμβάνουν να επεξεργαστούν οι φοιτητές κάθε τριμήνου κατά τη διάρκεια της άσκησής τους σε θέμα που καθορίζεται από τον Καθηγητή και τα μέλη ΔΕΠ της Κλινικής. Στο τέλος η εργασία αυτή κυκλοφορείται ως βιβλίο και παρουσιάζεται από τους φοιτητές στο αμφιθέταρο του Νοσοκομείου.
Τέλος, αξίζει να σημειωθεί ότι η αξιολόγηση μεταξύ φοιτητών-κλινικής είναι αμφίδρομη. Στο τέλος της άσκησης κάθε ομάδας φοιτητών παρέχεται στους φοιτητές ειδικό φυλλάδιο όπου ανώνυμα αξιολογούν τα μέλη ΔΕΠ και τους Ειδικευόμενους της Κλινικής, προτείνοντας παράλληλα τις αλλαγές που επιθυμούν.
Αυτό είναι αποτέλεσμα της συνεχούς προσπάθειας των μελών ΔΕΠ και των Ειδικευομένων Ιατρών της Κλινικής.
